El tránsito de país campesino, aldeano y agrícola a país que se urbanizaba e industrializaba asaltó a los líderes del país fuera de lugar para enfrentar esta compleja coyuntura, y en cambio, los halló enfrentados en banales disputas por el control del Estado y el botín burocrático. El bienestar o el progreso general del país era por entonces un asunto secundario. Esto lo atribuía el fundador de Los Andes a la mala formación de los dirigentes y a la poca preparación para enfrentar la modernización del país, un problema cuya solución tomaría tiempo siempre y cuando se ajustara el modelo de universidad donde deberían formarse esos dirigentes. Lo que al menos se podía lograr a corto plazo, para mantener viva la nueva Universidad en medio de la confrontación política violenta en tal coyuntura, era neutralizar las causas de la discordia. Por eso se definió para empezar, que el cuerpo directivo se conformara acogiendo el principio de paridad, es decir, mitad conservadores y mitad liberales, procurando además que se obtuviera a través de ambas partes una representación de todas las regiones del país. Sin embargo, para todos los directivos era claro que en la Universidad de los Andes estaba prohibido hacer proselitismo político y que la Universidad no se podía usar como fortín político. Fue un experimento temprano de la futura fórmula del Frente Nacional que inspiró al rector Alberto Lleras (1954-1955). 

 En atención a lo anterior, Lleras renunció a la Rectoría de Los Andes para liderar la oposición a la dictadura del general Gustavo Rojas (1953-1957). El primer triunfo político del expresidente liberal fue la firma en 1956 del Pacto de Benidorm (España), tregua acordada con el conservador Laureano Gómez. De esto se derivó el paro nacional del 10 de mayo de 1957 que provocó la renuncia del dictador y la convocatoria a un Plebiscito el 1° de diciembre del mismo año, para ratificar los acuerdos del denominado Frente Nacional que establecía la alternancia de los partidos Liberal y Conservador en el poder ejecutivo durante 16 años, la fórmula de la paridad en la repartija de los cargos públicos y la destinación del 10% del presupuesto nacional a la educación. 

 Las elecciones de 1958 dieron como ganador al expresidente y exrector de Los Andes, Lleras. Uno de los primeros actos de su gobierno fue postular a la Consiliatura –máxima instancia directiva de la Universidad Nacional– a Mario Laserna. Una vez elegido entre todos los candidatos propuestos al cargo, en consideración a su perfil académico como matemático, al éxito de la universidad que había fundado diez años antes, la experiencia y conocimientos sobre educación superior en Colombia, Estados Unidos y Europa, y a su simpatía por el Frente Nacional para asegurar la pacificación del país, el recién nombrado rector, suspendió transitoriamente sus estudios de postgrado y de idioma alemán en Heidelberg y viajó a Colombia.  

 Una vez en el cargo Mario Laserna fue llamado el “rector del Frente Nacional”. A la edad de 35 años recibía una organización con 27 facultades, escuelas e institutos, 32 carreras, 6.000 estudiantes aproximadamente, 170 profesores de tiempo completo o dedicación exclusiva (que aumentaron a 221 en 1960), 159 de medio tiempo y 746 de cátedra. Mil empleados se ocupaban de las labores administrativas. Contaba con sedes o facultades en Medellín (Escuela o Facultad de Minas, Escuela de Agricultura o Facultad de Agronomía), Palmira (Facultad de Agronomía) y Manizales (Facultad de Ingeniería), una rica pero desordenada biblioteca con casi 48.000 títulos y con la Ciudad Universitaria en Bogotá todavía en construcción. 

En acuerdo con la Consiliatura y el Gobierno Nacional, Laserna debía sacar el Alma Mater de la crisis y retomar el proceso de modernización interna iniciado en 1936. El pesado ambiente político y el mal momento de la Nacional lo evidenciaba la alta rotación de rectores: cinco en 1957 y tres en 1958, además de un militar impuesto por la dictadura. Era obsoleta para responder a los cambios que exigía la transformación económica, demográfica y social del país. Laserna la definía como “refractaria a las transformaciones nacionales […] atrás del progreso, aislada, sorda y ciega”. Requería una profunda reforma. Laserna planteó:  

“En la docencia es necesario distinguir dos grandes ramas: primeramente, aquella docencia que tiene por fin capacitar al estudiante para ejercer una profesión, ya sea la medicina, la ingeniería, la economía, el derecho o cualquiera profesión de aquellas en que imparte un título de idoneidad la Universidad. Segundo, la preparación del universitario para el cumplimiento de una actividad cívica y humana que le permita actuar en forma positiva asumiendo la responsabilidad que la organización nacional exige, prestando así un servicio a la orientación y manejo de los destinos nacionales. 

 Se hace necesario que el estudiante tome una participación más activa en la adquisición del saber, tanto teórico como práctico, que ha de servirle para un posterior ejercicio profesional. Esta participación más activa, de acuerdo con el criterio moderno sobre la materia requiere una división racional del trabajo evitando los pénsumes sobrecargados ya sea en horas de clase o en número de materias. Por otra parte, deben existir programas de estudio detallados, que permitan al profesor responsabilizar al estudiante de la preparación de cada clase por medio de la lectura o del trabajo individual sobre problemas y ejercicios.  

 Con relación a las materias de educación general, introducir como obligatorias, dentro de cada pénsum y para ser cursadas en el primer año, las cátedras de Humanidades, Castellano e Inglés, con intensidad horaria semanal de 4, 2 y 5 horas, respectivamente.  

 Crear tres grandes bloques académicos dentro de la Universidad Nacional: 1º el de las Ciencias Biológicas y afines, que abarca Medicina, Odontología, Psicología, Agronomía, Farmacia y Medicina Veterinaria. 2º El de las Ciencias Físicas y Matemáticas, que abarca Ingeniería, Química, Arquitectura, Matemáticas y Geología. Y [3º] él de las Ciencias Sociales y de la Cultura, que abarca Derecho, Economía, Filosofía, Conservatorio, Bellas Artes y Ciencias de la Educación. 

 Establecer como una sección académica y administrativamente autónoma de la Universidad, una Facultad o Escuela de Artes y Ciencias, que dicte la mayor parte de los cursos básicos que comprenden los dos primeros años… Con esta nueva entidad se solucionaría en buena parte el problema del excesivo número de estudiantes que fracasan en los dos primeros años, ya sea por falta de docencia adecuada a sus capacidades y antecedentes, o una precipitada escogencia en su interés profesional. 

 Las relaciones con el alumnado se deben desarrollar dentro de las normas estatutarias, siendo empeño de las actuales directivas permanecer en continuo contacto con las directivas estudiantiles y con el estudiantado en general” (Laserna Pinzón, Mario. Informe anual del rector 1959. Universidad Nacional de Colombia, Imprenta Nacional, Bogotá, 1960, pp. 14-20).